Flüchtige Besucher könnten Ortsbereich rund um die evangelische Kirche für ein eigenes Dorf halten. Tatsächlich befindet sich hier nicht nur der evangelische Pfarrhof, sondern - gewissermaßen gegengleich zum katholischen Bereich - auch ein eigener Kindergarten, ein Jugendheim, ein Altenheim und der evangelische Friedhof. Um die Mitte des 16. Jahrhunderts hatten die reformatorischen Lehren Martin Luthers auch im Salzkammergut so weit Boden gefasst, dass sich fast die gesamte Einwohnerschaft Goiserns zum Protestantismus bekannte.
Ab 1552 hielten die Protestanten in der katholischen Martinskirche deutschsprachige Gottesdienste ab. Die Pfarrer heirateten, hatten Familien - und wurden deswegen mehrmals vom Passauer Bischof zur Verantwortung gezogen.
Die Gegenreformation am Ende des 16. Jahrhunderts stieß vor allem bei den Salzarbeitern und Bauern auf erbitterten Widerstand: Sie wollten in den Jahren 1601 und 1602 ihren Glauben mit Aufständen durchsetzen, die von der katholischen Obrigkeit jedoch blutig niedergeschlagen wurden. 1624 mussten die letzten protestantischen Prediger das Land verlassen.